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马克思主义中国化研究部是研究毛泽东思想、中国特色社会主义理论体系、思想政治教育、科学无神论以及马克思主义中国化的范畴、原理、规律、历史进程、思想体系、理论形态等内容的部门。成立于2005年，下设毛泽东思想研究室、中国特色社会主义理论体系研究室、思想政治教育研究室、科学无神论研究室等研究室，目前共有研究人员19名，其中研究员6名，副研究员6名，助理研究员7名，博士生导师3名，硕士生导师3名。全国科普工作先进工作者1人、国家“万人计划”青年拔尖人才1人。现任部主任为贺新元。
马克思主义中国化研究部成员主要围绕毛泽东思想、中国特色社会主义理论体系、思想政治教育、科学无神论等领域开展研究，特别是在马克思主义中国化时代化的演进历程、内在逻辑、鲜明特色和基本规律，中国化马克思主义的基础范畴、基础理论，中国化马克思主义的结构体系、创新范式，马克思主义中国化时代化的重大理论与实践问题及热点问题，马克思主义思想政治教育和思想理论领域重大现实问题研究，马克思主义无神论理论与实践以及无神论宣传教育等进入了不断深化研究，从而推动马克思主义中国化时代化研究取得创新性成果、作出原创性贡献。研究部成员主持国家社科基金项目（含重大项目、重点项目、一般项目、青年项目）、中国社会科学院重大项目、中国社会科学院重大创新项目、中国社会科学院马工程重大项目、中国社会科学院重大国情调研项目、中国社会科学院国家高端智库基础研究项目、中国社会科学院智库基础研究项目、中国社会科学院“青启计划”、中国社会科学院哲学社会科学创新工程学术出版资助重点项目、中国社会科学院青年人文社会科学研究中心社会调研项目、中央社会主义学院统一战线高端智库课题等50多项，其中国家社科基金项目达20项。
马克思主义中国化研究部成员出版《环境问题与第三世界》《中国道路——不一样的现代化道路》《新时代中国特色社会主义道路》《“四个全面”战略布局研究》《中国特色社会主义：理论与实践的思考》《中国共产党的根本宗旨》《新时代党的意识形态思想研究》《新时期领导干部意识形态能力建设》《中国农村教育科学文化发展研究》《坚持党的领导》《新中国成立初期广东省党的建设研究》《理论创新：百年奋斗的源头活水》《中国社会建设与治理》《中国农村集体经济道路研究》《中国农村集体经济改革与发展研究》《中国特色革命道路的开辟》《伟大社会革命》《统一战线话语体系建构机制研究》等著作50多部。在《马克思主义研究》《政治学研究》《哲学动态》《世界宗教研究》《中国特色社会主义研究》《思想理论教育导刊》《当代世界与社会主义》《红旗文稿》《当代中国史研究》《科学社会主义》《毛泽东邓小平理论研究》《社会主义研究》《世界社会主义研究》《西藏研究》《求实》《探索》《理论与改革》《思想理论教育》《思想教育研究》《广西社会科学》以及《人民日报》《光明日报》《经济日报》等期刊发表学术论文1000余篇，多篇被人民大学复印报考资料全文转载和《新华文摘》观点摘编。
马克思主义中国化研究部承办中国社会科学院科学社会主义论坛、毛泽东思想论坛、马克思主义中国化学术论坛、科学无神论论坛等。
马克思主义中国化研究部成员多次获得优秀信息对策奖，获得全国科普工作先进工作者、国家“万人计划”青年拔尖人才、中国社会科学院青年拔尖人才、中国社会科学院青年英才奖等奖项和称号。